十万基因组计划中的血液系统恶性肿瘤

血液系统恶性肿瘤现在有资格纳入100,000基因组计划。在招募患者时,必须检查以下事项:

  1. 病人符合条件吗?
  2. 病人同意了吗?
  3. 能否收集到足够的恶性细胞样本?
  4. 是否能收集到足够代表种系的样本?
  5. 患者是否已在项目中注册?
  6. 患者的数据可以上传到英格兰基因组学数据库吗?188bet亚洲体育滚球

资格

2018年2月更新:血液系统恶性肿瘤合格标准已根据gmc的反馈而扩大,目的是增加招聘。

常见问题

本地采集的样本就可以了。

AML 19确实包括APML,但由于APML的基因已经被很好地研究出来,因此不应该对其进行测序。

如果我们过度定义这一类别,就可能会错过重要的案例。在这些病例中,测序可以帮助分类诊断,例如MPD/MDS重叠综合征,三阴性MPD。

同意

下载参加者资料单张及同意表格

收集样本

血液学病例在收集生殖系样本时存在独特的困难,而对于其他癌症来说,生殖系样本可能是外周血样本。测序需要生殖系样本,以便从肿瘤样本中减去哪些突变是恶性肿瘤中的新突变。

看到我们的关于如何收集样本的详细指导(2018年2月)

关于样品处理的常见问题

不含肿瘤RNA的样本是否不合格?

特别是对于获得较少样本的患者,可能无法同时获得高质量的DNA和RNA,因此确保足够的高质量DNA似乎更有用。
在实际情况下需要RNA,这意味着DNA会因此受到损害,那么DNA应该优先考虑。

我们经认证的NHS实验室管道使用RLT缓冲液(含GTC),可以接受吗?

是的,RLT或任何含有缓冲液的GTC都是可接受的。

RNA血液样本应该来自与肿瘤DNA相同的试管,所以EDTA没问题。RNA不需要paxgene管。8.6.1 -状态对于液体肿瘤,应使用单个骨髓或外周血样本提取DNA和RNA。RNA不应转化为cDNA,而应储存在-80C的GTC缓冲液中。BM和PB均应在EDTA管中收集。

为了准备一个文库,需要最小数量的DNA(肿瘤或旁观者细胞)。从肿瘤中提取2ug的总DNA就足够了(生殖系样本需要更多)。我们用较少的DNA量取得了成功,但失败的几率增加了,我们不会尝试用少于0.5ug的DNA对样本进行测序。只要有足够的DNA用于文库制备,那么高纯度的样本就会产生清晰的测序报告。

年长的参与者往往很难产生足够的唾液在最小量的要求上有灵活性吗?

唾液样本通常含有大量的DNA,对于那些使用OG500试剂盒产生唾液有困难的人,有辅助收集试剂盒(OG575和OC175)可能会有帮助。

最低10微克是基于血液样本得出的。这里可以有一些灵活性。样品处理指南规定,在例外情况下,仅获得有限的样品量至少为4ug。4µg - 10µg的DNA是可以接受的,但这确实增加了样品QC失败的可能性。重要的是要满足所有其他QC要求,包括最低浓度和体积。

可以使用T细胞,但在肿瘤-正常减法过程中,早期造血干细胞分裂成髓系/淋巴系之前发生的任何突变都有被移除的风险。对于MDS/MPD重叠综合征和三阴性MPD等“未诊断的血液恶性肿瘤类别”的病例,建议从皮肤活检中培养成纤维细胞,尽管我们意识到这在逻辑上很难建立,但这将是一个更可靠的生殖系

唾液样本被推荐为CLL的种系,并且可能包含许多中性粒细胞。理论上说,如果突变发生在非常早期的干细胞中,可能会有问题,但这在CLL中没有被很好地认识到。

对治疗表现出良好反应的病人,可以使用唾液样本进行种系检测。对于活动性疾病患者,唾液中潜在的血液学细胞污染意味着需要考虑其他生殖系来源。我们建议培养成纤维细胞,但也认识到这样做的后勤和财政困难。其他来源正在考虑,我们将在未来更新。

这是可选的吗?另外,cfDNA与循环肿瘤中的细胞DNA有何区别?

cfDNA是可选的。它是通过纺丝血液收集来制造脱细胞血浆/血清。因此,循环的游离DNA可以与细胞DNA区分开来。

在CLL患者中收集cfDNA是为了在CLL细胞从血液中清除后提供监测材料。在恶性肿瘤的其他复发指标之前,已检测到游离血液中的DNA。它还将允许检测可能与复发疾病或里氏变形有关的新变异。

磁珠分离(柱分选或柱富集)可用于此。样品与偶联到磁珠上的CD138抗体一起孵育,然后样品通过磁场中的柱状结构,这意味着粘附在CD138抗体/珠上的CD138细胞被保留在柱状结构中,其他细胞通过,然后将柱从磁场中移除,让CD138细胞通过并被收集。

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